環保署最早曾於 80 年 4 月擬具「土壤污染防治法」草案，報請行政院通過後送立法院審議，然而，經 5 年待審仍未完成立法。有感於時空更迭，原草案內容未能在土地變更、財務籌措及責任歸屬等方面，作充分考 量及設計應對制度，為了避免立法內容無法因應實際需求，因此於 85 年將此草案自立法院撤回，重新進行調整與修正。

修正後的「土壤污染防治法」草案，於 87 年 8 月再送請行政院審議。歷經多次研商後，終於審議完成，並定名為「土壤污染整治法」（草案），於 88 年 6 月送到立法院審議。其後經學者及立法委員倡議，考量土壤及地下水的不可分隔性，建議將地下水一併納入法案中，並將法案名稱定名為「土壤及地下水污染整治法」（以下簡稱土污法），於 89 年 1 月 13 日三讀完成，並於同年 2 月 2 日公布施行。仿效美國超級基金(Superfund)的設立精神，環保署於90年授權徵收「土壤及地下水污染整治基金」，同時依據土污法第30條，於同年11月13日成立「土壤及地下水污染整治基金管理會」（以下稱土污基管會），主要任務為管理基金使用及推動土壤地下水污染整治與預防等相關工作。

土污法自 89 年公布施行多年後，發現許多問題及需求，例如：責任主體不足、指定公告事業提具土壤污染檢測資料時機與內容、污染場址列管制度、整治基金收費來源與支出用途、整治基金代支出費用追償保全不易等問題。為落實推動土污法原先立法的意旨，環保署參考國外相關法律發展情形，研擬土污法修正草案，於 96 年 2 月送行政院審查，經行政院第 3068 次院會通過後，於 96 年 12 月送立法院審議，歷經多次審議，於 99 年 2 月 3 日公布施行。修正的重點包括：修正污染行為人定義，並賦予潛在污染責任人與土地關係人責任義務；增加高污染潛勢區監測；技師簽證制度；增加保全程序，確保土污基金代支出費用儘速獲得求償；健全現行風險評估機制；擴大整治費費基；擴大污染控制場址相關溯及規定。